蒙医学根据自己的理论体系，研究人体形成，生长发育，衰老，死亡等生命活动的规律，在此基础上，开展防病治病和使人延年益寿的工作。任何医学理论体系都来源于临床实践，又反过来指导临床实践的。蒙医学也不例外，在漫长的历史发展中与疾病斗争中积累了丰富的传统医疗实践经验，在朴素的唯物论和自发的辨证法思想的影响和指导下，不断地得到充实和提高逐步形成了独特的民族医学理论体系。
阴阳学说
阴阳学说是我国哲学的一对范畴。古代思想家用以解释自然界一切事物相互对立而又统一的朴素的唯物论和自发的辩证法思想。民族社会时期的北方诸民族把上天看作获生的根源-――阳，把世界看作上天的征兆――阴。据蒙古古代史及许多文学艺术作品中记载，古代蒙古人称苍穹为"父天"，称世界为"母地"。这是在蒙古民族中形成阴阳概念的根源。
蒙医学理论就是在对自然界有了这种认识的基础上发展起来的。从元代开始蒙古人能够应用阴阳概念来解释医学的某些内容，到16世纪末，阴阳学说成为蒙医学理论体系的重要组成部分。阴阳学说认为，世界是物质性的整体，是阴阳二气对立统一的结果。所以宇宙间的任何事物都包含着阴阳相互对立的两个方面。
如白昼和黑夜，晴天与阴天，热与冷、动与静等。一般地说，凡是活动、上升的、明显的、进行的、无形的、轻清的、功能亢进的或属于功能方面的都属于阳；而凡是静止的、下降的、隐晦的、退行性的、有形的、重浊的、功能衰退的或属于物质方面的都属于阴。例如，天和地，则天为阳，地为阴。
因为天在上，故属阳，地在下，故属阴。火与水，则火为阳，水为阴。因为火性热而上炎故属阳，水性寒而下走故属阴。从事物的运动变化来看，当事物处于沉静状态时便属阴，处于躁动状态时便属阳。由此可见，阴阳即可代表两个相互对立的事物，也可代表同一事物内部所存在的相互对立的两个方面。
事物的阴阳属性还具有无穷的可分性，即阴阳之中还可以再分阴阳。昼与夜，昼为阳，夜为阴。但白昼之中又可以有上午与下午之分，则上午为阳中之阳，下午为阳中之阴。夜又有前半夜和后半夜之分，则前半夜为阴中之阴，后半夜为阴中之阳。由此可见，宇宙间的任何事物都可以概括为阴和阳两类，任何一种事物的内部又可分为阴阳两个方面。而每一事物中的阴或阳的任何一方，还可以再分阴阳，以至无穷。
